Як показує практика, у ході реалізації проєктів Twinning перед бенефіціарами проєктів Twinning постають такі виклики:

• різниця культурних традицій, зокрема, культури державного управління в Україні та країнах-членах ЄС;
• недостатнє розуміння суті проєктів Twinning, їх відмінності від традиційних проєктів технічної допомоги ;
• недостатнє знання англійської мови;
• на етапі підготовки контракту недостатньо продумано графік заходів (навчальні візити найкраще планувати на другу половину етапу реалізації проєкту);
• недоліки організації спільної роботи експертів ЄС та експертів бенефіціара проєкту Twinning.

Рекомендації від органів державної влади, що вже мали практику впровадження проєктів Twinning:

• при ініціюванні проєкту необхідне зацікавлення та підтримка вищого керівництва органу державної влади, який планує впровадження інструменту Twinning;
• необхідно чітко визначити актуальність завдань, включених до проєкту;
• завдання в рамках проєкту мають бути такими, що об’єктивно можуть бути завершені за час реалізації проєкту;
• основні завдання, які ставляться в рамках проєкту Twinning, повинні відповідати вимогам законодавства ЄС та передовій практиці держав-членів ЄС;
• необхідно мати вичерпну інформацію щодо потенційних партнерів за проєктом (наявність відповідного досвіду та кваліфікованих експертів за напрямками проєкту). Особливу увагу звернути на вибір постійного радника проєкту (професіоналізм, особисті якості);
• звернути особливу увагу на підбір керівників компонентів проєкту Twinning з боку органу державної влади України;
• проводити попередню підготовку постійного радника проєкту і ключових учасників проєкту з боку держав-членів ЄС щодо українських правил і процедур:

1) структури, повноважень та ієрархії органів державної влади;
2) статусу нормативно-правових актів;
3) правил і процедур прийняття рішень;
4) внутрішніх процедур органу-бенефіціара.